按照党的十六大提出的司法体制改革的目标，我国司法鉴定改革的目标是尽快建立起与我国司法改革发展相适应的职责明确、相互配合、相互制约、运行高效的新型司法鉴定体制。为此，一要遵循司法鉴定制度发展的客观规律，科学划分公检法司四机关在司法鉴定工作方面的职权，保障相关部门各定其位，各尽其职。二要强化在司法鉴定工作中司法权与行政权的相互配合与相互制约。三要强化司法鉴定运行效率的提高。必须尽快建立鉴定人出庭制度和鉴定结论采信说明制度，通过建立完善的鉴定结论质证制度和采信制度，来减少重复鉴定的大量出现，不断提高诉讼效率。

近年来，社会各界十分关注司法鉴定制度改革，如何贯彻"三个代表"重要思想，与时俱进，开拓创新，构建现代司法鉴定体制，创造先进司法鉴定文化，是当前我国司法鉴定制度改革的重要使命和奋斗目标。我国现行的司法鉴定体制存在的弊端日益暴露出来，突出表现在：

一是司法鉴定相关部门工作职权定位混乱，管理错位、缺位现象严重。我国的司法鉴定体制沿袭前苏联模式，涉及侦查、检察、审判、司法行政等相关部门。目前，由于相关部门职权定位不当，司法鉴定工作中司法权与行政权不分。审判机关设立鉴定机构，从事司法鉴定管理，违反了诉讼构造的基本原理。

二是缺乏国家统一协调，相互配合、相互制约、高效运行的司法鉴定体制尚未形成。完整的司法鉴定运行体系包含司法权力、行政权力、当事人权利、鉴定人权利相互联系、相互影响的四个方面。这四个方面相互配合、相互制约，共同承担着维护司法公正与提高司法效率的使命。目前，在我国的司法鉴定工作中,司法行政机关的司法鉴定执业准入管理与侦查机关、检察机关和审判机关的司法鉴定委托之间缺乏衔接。

三是司法鉴定机构重复设置与分散管理，造成了司法鉴定资源的巨大浪费。我国现行的司法鉴定体制是自然经济的产物，部门分割现象严重，不仅造成国家鉴定资源的极大浪费，同时也因多头鉴定、重复鉴定增加当事人的诉讼成本，拖延诉讼周期，降低了诉讼效率。市场经济资源优化配置的机制在司法鉴定领域未能发挥应有的功能。